Visi 

Menjadikan STAI KH.ZAINUDDIN Ponpes Mojosari Nganjuk sebagai lembaga unggulan dalam bidang kajian keislaman dan ilmu pengetahuan berbasis kepesantrenan pada tahun 2041.

Misi 

1. Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran yang bermutu serta mempunyai kualitas daya saing .
2. Mengembangkan ilmu pengetahuan Islam melalui pengkajian ilmiah dan pengabdian kepada masyarakat.
3. Mengantarkan mahasiswa memiliki kemantapan akidah, kedalaman spiritual, dan keluhuran akhlak yang di tunjang dengan keluasan ilmu pengetahuan serta profesionalitas dalam berfikir dan bersikap.
4. Membentuk jejaring kerjasama dengan berbagai instansi terkait dalam rangka membangun eksistensi kelembagaan.

Tujuan

1. Terselenggaranya pendidikan dan pengajaran dalam bidang ilmu pengetahuan islam, yang bermutu serta mempunyai kualitas daya saing .
2. Terlaksananya pengembangan ilmu pengetahuan Islam secara konprehensif melalui pengkajian ilmiah dan pengabdian kepada masyarakat.
3. Menghasilkan lulusan mahasiswa dengan kemantapan akidah, kedalaman spiritual, dan keluhuran akhlak yang di tunjang oleh keluasan ilmu pengetahuan serta profesionalitas dalam berfikir dan bersikap.
4. Terbentuknya jejaring kerjasama dengan berbagai instansi terkait dalam rangka membangun eksistensi kelembagaan.